美国新教教派的丑闻也不遑多让。南方浸信会是美国最大的新教教派和最具影响力的福音派教派，其国内教徒超过1300万，仅次于美国天主教会。美国媒体2019年披露，自2000年以来，380名南方浸信会的神职人员犯下各种性侵行为并面临指控，其中许多人在丑闻被揭露时仍然在职。2022年5月，一份300页的调查报告指出，几十年来该教派领导人蓄意掩盖性侵受害者与其他教会成员提出的指控。该教派多年来还以“地方教会自治”原则为由抵制外界改革呼声，坚称无法建立性犯罪者数据库以防止更多的虐待。但上述报告揭露该教会内部确实留有秘密名册，记载涉事牧师的详细情况。截至2022年，该名册共记录了703名有不当性行为的神职人员，但教会为避免法律诉讼始终没有公开该名册，也没有采取任何行动来防止受指控的牧师继续担任神职。

当今美国存在上万个邪教。在精神贫乏、社会矛盾激化、极端主义思想盛行的环境中，大量美国人试图通过脱离主流社会、诉诸宗教狂热来获得慰藉，邪教就不可避免地涌现。尽管充斥着欺骗、压迫、虐待、暴力等违法犯罪活动，但由于大多数美国邪教规模不大且非常隐蔽，很少能被曝光。尽管如此，仍有许多邪教造成了极为严重的人道灾难。例如，1977年，“人民圣殿教”的头目琼斯胁迫他的900多名信徒服毒自杀，其中276人是儿童。1993年，宣称世界末日来临、将同异教徒展开血战的“大卫教”，在得克萨斯州韦科的总部遭到美国政府长达51天的大规模武力围攻，导致76名信徒死亡，其中包括25名儿童和两名孕妇。2008年，美国警方从“耶稣基督末世圣徒原教旨教会”所属的“渴望天国”农场中解救出463名遭受虐待的未成年人，其中大多数是13岁以下的儿童。